क्रिकेट से रिटायर होने के बाद भी अजीत वाडेकर अलग-अलग रोल में टीम इंडिया से जुड़े रहे. 1992 में उन्हें आधिकारिक तौर पर टीम इंडिया का पहला हेड कोच बनाया गया. इसके बाद वो भारतीय टीम के मैनेजर और चीफ सलेक्टर भी रहे.