इसके अलावा डेरामुखी पर एक और गंभीर केस सीबीआई अदालत में विचाराधीन है। डेरामुखी पर आरोप है कि उन्होंने अध्यात्म का सहारा लेते हुए डेरे के करीब 400 साधुओं को नपुंसक बनाया है। इस मामले में सीबीआई द्वारा विशेष कोर्ट में चालान पेश कर दिया गया है और केस में अभी सुनवाई चल रही है।
उधर, डेरे के एक अन्य अनुयायी फकीरचंद मर्डर केस की दोबारा जांच करवाने के लिए हाईकोर्ट में अपील करने की तैयारी की जा रही है। इस मामले की जांच भी सीबीआई कर रही थी। लेकिन दिसंबर 2010 में सीबीआई ने इस मामले में अपनी क्लोजर रिपोर्ट दाखिल कर दी थी, जिसके बाद इस केस में डेरामुखी को बरी कर दिया गया था।